Ini adalah kueri yang harus Anda gunakan:
db.collection.update( { "Queries.Results.id":1 }, { $pull: { "Queries.$.Results": {"id":1} } } )
Anda perlu menentukan klausa "di mana" untuk menemukan dokumen yang akan diperbarui. Anda juga kehilangan operator posisi $, Anda harus menggunakannya karena Kueri dapat memiliki beberapa Hasil.