Saya memiliki masalah yang sama. Penyedia yang terpaksa saya gunakan hanya memiliki MyISAM dan saya kembangkan di InnoDB. Ini mungkin untuk bermigrasi karena tampaknya MyISAM mengabaikan semua perintah FK yang Anda gunakan saat membuat skema.
Saya menggunakan ekspor sederhana dari meja kerja Mysql dan mengimpor skema dan konten di host jarak jauh.
Saya pikir batasan database akan disimpan karena saya mengembangkan dan menguji menggunakan InnoDB dengan pemeriksaan FK. Jika kode Anda solid, risikonya adalah minimal bahwa database kehilangan integritas. Tetapi tentu saja ada kasus masalah tak terduga dengan kunci jika Anda tidak mengelola beberapa batasan dalam kode Anda.
Ikhtisar InnoDB dan MyISAM mesin penyimpanan dapat memberikan jawaban jika Anda mengandalkan hal lain yang membedakan keduanya.