Itu tergantung pada mesin penyimpanan yang Anda gunakan. Tabel MyISAM tidak mendukung indeks berkerumun, jadi kunci utama pada tabel MyISAM tidak mengelompok. Kunci utama pada tabel InnoDB, bagaimanapun, dikelompokkan.
Anda harus membaca Manual MySQL untuk detail lebih lanjut tentang pro dan kontra dari setiap mesin penyimpanan.
Anda harus memiliki kunci utama; jika Anda tidak membuatnya sendiri, MySQL akan membuat yang tersembunyi untuk Anda. Anda selalu bisa membuat bidang AUTO_INCREMENT untuk kunci utama (saya pikir ini lebih baik daripada memiliki MySQL yang menyembunyikan bidang di tabel Anda).