Jangan menemukan kembali roda. Apa yang Anda butuhkan sudah ada hampir di luar kotak:
<?php
$result = exec("/path/to/mysqldump -u$username -p$password your_database your_table > /desired/output/path/dump.sql");
Anda mungkin ingin memeriksa isi $result
setelah itu, untuk memastikan semuanya berjalan lancar.