Selama file akan diurai oleh PHP, tidak ada yang perlu dikhawatirkan, dan yang satu tidak lebih aman dari yang lain. Meskipun demikian, ada kepraktisan yang terlibat juga:jika Anda menulis mysql_connect di lebih dari satu tempat dan Anda telah memutuskan untuk memindahkan database Anda ke host lain, atau Anda telah memutuskan untuk mengubah kata sandi, atau jika Anda mengetahuinya benar-benar tidak aman untuk terhubung menggunakan akun root (ubah itu;)), lebih mudah untuk memiliki pernyataan koneksi di satu tempat.
Juga, jika PHP tidak mengurai file Anda, lebih baik Anda memiliki file penting tersebut di luar dari webroot, bahkan tidak dapat diakses oleh Apache. Itu cara paling aman.