Nah $company->employees mengembalikan koleksi, ->id bukan properti dalam koleksi, itu sebabnya Anda mendapatkan kesalahan.
Jika Anda ingin mengambil larik yang berisi semua id karyawan Anda, Anda dapat melakukan ini:
$company->employees()->lists('id');
Jika Anda membaca ini dan menggunakan laravel ^5.3.* maka jawabannya adalah:
$company->employees()->pluck('id');
Ini akan mengembalikan koleksi dengan semua id, jika Anda menginginkannya menjadi array, Anda dapat menghubungkan ->toArray() di belakangnya.
