Masalahnya adalah Anda memasukkan referensi ke $tempArray ke $arr. Kemudian Anda mengubah referensi. Pada loop ketiga Anda memiliki 3 referensi ke array yang sama. Itulah mengapa nilainya menunjukkan seperti itu... Anda dapat menyelesaikan ini dengan cara yang agak tidak intuitif.
coba:
$stmt->bind_result($tempArray["val1"], $tempArray["val2"],$tempArray["val3"]);
while ( $stmt->fetch () ) {
$x = $tempArray; //This copies the values of $tempArray to $x and each loop will create a new x.
array_push($arr, $x);
}