Tidak, mysqli_query tidak akan secara otomatis mengubah tingkat isolasi. Menghubungkan melalui mysqli dalam banyak hal seperti menghubungkan melalui mysql cli. Dalam kedua kasus, Anda akan mendapatkan tingkat isolasi default. Dan seperti cli, mysqli tidak dapat membuat asumsi tentang pernyataan apa yang akan datang melalui koneksi.
Bagaimanapun, jika Anda memiliki beberapa alasan bagus untuk mengkhawatirkan tingkat isolasi, saya pikir Anda harus mengaturnya secara eksplisit, mis.:
$mysqli_connection->query("SET TRANSACTION ISOLATION LEVEL READ UNCOMMITTED");
Dengan begitu Anda dapat memastikan bahwa Anda memiliki tingkat isolasi yang Anda inginkan, dan Anda dapat mengomentari alasan Anda dalam kode.