Coba ganti subquery dengan join:
SELECT *
FROM files f
LEFT OUTER JOIN reades r on r.file_id = f.file_id
WHERE r.file_id IS NULL
Berikut tautan ke artikel tentang masalah ini . Penulis artikel itu menulis prosedur tersimpan untuk memaksa MySQL mengevaluasi subquery sebagai independen. Saya ragu itu diperlukan dalam kasus ini.