Django tidak menggunakan ? untuk parameterisasi, melainkan menggunakan parameter gaya string format, yaitu '%s' % 'hello' , dll. Lihat Meneruskan parameter ke mentah [Django docs]
.
Sepertinya Anda ingin membuat kueri dengan bentuk LIKE '<SOMETHING>%' , pertama jangan gunakan ? (gunakan %s sebagai gantinya), selanjutnya daripada mencoba menggabungkan kueri dalam python sendiri.
Karenanya kueri Anda harus seperti (Bagian yang tidak relevan terpotong):
cursor.execute("SELECT ... a.gene_name LIKE %s ORDER BY ...", ('{}%'.format(gene),))