Saya ingin menyarankan desain berikut (seperti milik Anda):
Pertama-tama, kita akan memiliki tiga tabel
USER -- UserId, other fields
COMPANY -- CompanyId, other fields
PHONE -- PhoneId, PhoneNumber
Kemudian memiliki dua tabel untuk menyimpan relasi
COMPANY_PHONE -- CompanyId, PhoneId
USER_PHONE -- UserId, PhoneId