Setelah mencoba banyak hal, saya perhatikan bahwa fungsi to_sql tidak menghasilkan sintaks MySQL yang benar agar berfungsi. Juga dengan pendekatan untuk mengubah ke wkb MySQL masih tidak mengenali kolom itu sebagai geometri jika saya membiarkan teks apa adanya (lihat gambar dalam pertanyaan).
Apa yang berhasil bagi saya adalah mengubah bidang geometri menjadi string dan memperbaruinya dengan python sehingga akan terlihat seperti ini: 
Setelah itu, saya melanjutkan untuk menggunakan kode di bawah ini, di mana saya mengirim kerangka data ke MySQL dan kemudian memperbarui tabel untuk mengatur kolom geometri:
regions.to_sql('pr_regions', con=conn, schema='eq_pr_db',
if_exists='replace', index=False)
#add column type Polygon
conn.execute('''ALTER TABLE `eq_pr_db`.`pr_regions`
ADD COLUMN `geom` Polygon;''')
#populate new column by applying the ST_GeomFromText function to transform the string to geometry type.
conn.execute('''UPDATE `eq_pr_db`.`pr_regions`
SET geom = ST_GeomFromText(geometry) ;''')
