Akhirnya menemukan jawabannya ketika menemukan bahwa skrip lain yang berhasil saya jalankan berkali-kali tidak lagi berfungsi.
Saya telah mengubah susunan di database saya dari utf8_general_ci menjadi utf8_bin. Ada bug di MySQLdb 1.2.3 yang menyebabkan string utf8_bin tidak dikenali sebagai teks, sehingga konversi unicode tidak terjadi. Ini telah diperbaiki di MySQLdb 1.2.4.
https://sourceforge.net/p/mysql-python/bugs/289/
