Masalah di sini akhirnya menjadi beberapa hal. Seperti yang ditunjukkan abarnert dalam komentar pertanyaan, ada pencampuran sistem python dan virtualenv python. Untuk mengatasi ini saya harus mengubah properti proyek dari proyek PyDev untuk hanya menunjuk ke instance virtualenv python, kemudian dalam preferensi juru bahasa PyDev saya harus membangun kembali PYTHONPATH.
Setelah ini selesai, di virtualenv saya harus menjalankan kode berikut:
pip uninstall mysql-python
pip install mysql-python==1.2.5
Ini menyelesaikan semua masalah.
