Periksa konfigurasi kedua mesin. Ada kemungkinan bahwa konfigurasi mesin InnoDB Anda lebih efisien untuk pencarian Anda daripada cara Anda menyiapkan MyISAM.
Nilai konfigurasi utama adalah innodb_buffer_pool_size, yang merupakan tempat InnoDB menyimpan data (dan mengindeks, tetapi Anda tidak memiliki indeks apa pun).