Jangan gunakan ' ' untuk $invoice karena ketika Anda menggunakannya seperti '1,2,3' di mana seharusnya seperti '1','2','3' atau 1,2,3
Saya pikir permintaan Anda harus seperti di bawah ini
"update invoice set paid =1, date_recieved ='$date', check_number ='$check' dimana invoice_number IN ($faktur)"