Secara teoritis ya. Praktisnya Anda harus terlebih dahulu mendapatkan (atau membuat sendiri) kelas yang diturunkan dari System.Data.Entity.Migrations.Sql.MigrationSqlGenerator
yang akan bertanggung jawab untuk menghasilkan SQL untuk MySQL. Di sini
lebih lanjut tentang menyesuaikan (atau menulis ulang) pembuatan SQL.
Anda juga dapat menunggu hingga pengembang EF yang mendukung penyedia ADO.NET menyertakan fitur ini ke dalam paket mereka. Misalnya Devart sudah mulai mengerjakan dukungan migrasinya untuk Oracle, MySQL, PostgreSQL, dan SQLite mereka.