Transaksi bersifat atomik hanya sehubungan dengan koneksi database lain yang mencoba menggunakan data yang sama, yaitu koneksi lain akan melihat tidak perubahan yang dibuat oleh transaksi Anda, atau semua perubahan; "atomic" yang berarti tidak ada koneksi database lain yang akan melihat status antara dengan beberapa data diperbarui dan lainnya tidak.
Kode PHP di antara kueri tidak akan merusak atom, dan tidak masalah di mana Anda menyiapkan pernyataan Anda.