Meskipun saya tidak yakin apa yang secara spesifik memicu masalah (tampaknya koneksi terbuka entah bagaimana dapat berakhir dalam keadaan rusak di sisi cluster RDS), tampaknya masalahnya diperparah oleh penyatuan koneksi yang agresif dan digunakan kembali pada sisi klien terjadi di MySQL .NET Connector.
Setelah masalah terjadi, koneksi yang terpengaruh tampaknya tetap berada di kumpulan, diambil secara sewenang-wenang dari kumpulan dan digunakan kembali berulang kali. (Kemungkinan besar terkait dengan bagaimana Anda melihat masalah terus terjadi secara acak setelah dimulai.)
Menambahkan Connection Lifetime=x
ke string koneksi, x adalah waktu dalam detik saat koneksi tetap hidup untuk digunakan kembali, tampaknya setidaknya mengurangi gejalanya.