Saya mendapatkan kesalahan yang sama dan setelah mencari 4 halaman pertama google dan mencoba semua yang disarankan (memperbaiki tabel, memindahkan my.cnf, membersihkan kunci, me-reboot dll) tidak ada yang berhasil. Ternyata itu karena saya secara manual menghapus beberapa log biner lama (binary.00001, binary.00002 dll) tetapi saya belum memperbarui file binary.index agar sesuai. Saya menghapus baris yang sesuai dari binary.index dan berhasil.