Tidak, versi saat ini (5.2.10 beta) tidak mendukung itu.
Namun, format file tidak eksklusif - ini adalah arsip zip sederhana. Ini berisi dokumen XML tunggal yang merupakan model database lengkap. Saya menulis pertanyaan SO ini
beberapa bulan yang lalu dengan tujuan yang sama seperti yang tampaknya Anda miliki. Saya ingin dapat melakukan svn diff model.mwb
Jawaban yang saya dapatkan di sana membantu saya menulis skrip kecil yang membuka ritsleting file sebelum meneruskannya ke alat diff. Ini bekerja dengan baik dan jika Anda tertarik, saya dapat mempostingnya di suatu tempat.
Saya juga baru-baru ini memulai utas di forum Workbench tentang masalah ini. Semoga seseorang di tim pengembangan dapat memberikan masukan lebih lanjut tentang ini.
EDIT:sekarang sedang dilacak oleh Bug MySQL #51203 dengan target 6.0.