Ada masalah mendasar dengan memiliki database (MySQL) yang tersedia untuk web. Dengan MySQL Anda dapat mengonfigurasinya untuk meminta ssh-tunnels atau ssl-certificates, yang keduanya mencegah pengiriman kata sandi dalam bentuk teks yang jelas. Umumnya Anda harus menulis kedua perangkat lunak klien Anda, dan bagian dari perangkat lunak server yang berada di server yang dekat dengan database (dan protokol antara klien/server).
Tidak ada yang lebih benar dari yang lain, tetapi bergantung pada database Anda (dan mesin klien Anda), hal itu mungkin memengaruhi biaya lisensi.
Biasanya klien Anda akan mengautentikasi pengguna dengan perangkat lunak server yang akan Anda tulis, dan kemudian perangkat lunak server akan menggunakan satu login database untuk menghubungi database.