Saya menemukan kesalahan ini dan itu karena penolakan SELinux. /usr/bin/httpd tidak memiliki izin untuk terhubung ke port 3306. Saya memperbaiki masalah dengan:
setsebool httpd_can_network_connect_db on
Tampaknya berfungsi dengan baik dan seharusnya lebih aman daripada hanya menonaktifkan SELinux. Seperti yang ditunjukkan Avinash Meetoo di bawah, Anda dapat menggunakan:
setsebool -P httpd_can_network_connect_db
Untuk membuat perubahan selinux tetap ada di seluruh reboot.