Jika Anda melakukan UPDATE LOW_PRIORITY table ...
Anda akan memastikan itu hanya akan menjalankan pembaruan Anda ketika tidak melakukan hal lain. Selain itu menurut saya tidak ada banyak pilihan di dalam MySQL.
Juga, apakah itu menyebabkan masalah sekarang atau Anda hanya mengoptimalkan sesuatu yang tidak menjadi masalah? Secara pribadi, jika saya akan melakukan pembaruan batch seperti ini, saya cukup memasukkan semua ID di memcached dan menggunakan cronjob untuk memperbarui setiap 5 menit.