Jadi, saya menemukan proses menjalankan mysqld dengan sudo lsof -i tcp:3306 lalu saya membunuhnya menggunakan sudo kill -9 <PID> .
Setelah ini saya mencoba mysql_secure_installation lagi, tetapi mengalami kesalahan baru :
Setelah mencoba beberapa perbaikan agar mysql.sock berfungsi, saya memulai server MySQL dengan sudo mysql.server start lalu lanjutkan dengan mysql_secure_installation untuk mengatur kata sandi untuk pengguna root.
Ini akhirnya berhasil untuk saya.