Dalam file konfigurasi mysql Anda (biasanya /etc/mysql/my.cnf) Anda harus memiliki properti datadir, yang merupakan lokasi di mana mysql akan menyimpan datanya
Sesuatu seperti:
datadir = /var/lib/mysql
Kemudian membuat subdirektori di dalamnya untuk setiap database di mana ia akan menyimpan konten database (mis:/var/lib/mysql/mydatabase). Sejauh yang saya tahu, Anda tidak dapat menentukan satu database tertentu untuk disimpan di luar datadir.