Saya percaya bahwa yang kedua lebih efisien karena hanya membutuhkan satu pilihan, tetapi untuk memastikan, Anda harus MENJELASKAN setiap kueri dan memeriksa hasilnya.
EXPLAIN select tasks.*
from tasks
where
some criteria
and task.project_id not in (select id from project where project.is_template = 1);
EXPLAIN select tasks.*
from tasks, project
where
some criteria
and task.project_id = project.id and project.is_template <> 1;