Optimalisasi MySQL pada tabel gabungan dengan kriteria rentang

chrom_only kemungkinan merupakan pilihan indeks yang buruk untuk bergabung karena Anda hanya memiliki nilai chrom 22.

Jika saya menafsirkan ini dengan benar, kueri harus lebih cepat jika menggunakan start_end

SELECT `inVar`.chrom, `inVar`.pos, `openChrom_K562`.score
FROM `inVar`
LEFT JOIN `openChrom_K562`
USE INDEX (`start_end`)
ON (
`inVar`.chrom=`openChrom_K562`.chrom AND
`inVar`.pos BETWEEN `openChrom_K562`.chromStart AND `openChrom_K562`.chromEnd
)