Tidak sepenuhnya yakin, tetapi pertimbangkan untuk memindahkan kondisi dari WHERE syarat untuk JOIN ON kondisi karena Anda melakukan penggabungan luar (LEFT JOIN ) itu membuat perbedaan dalam kinerja tidak seperti inner join dimana syaratnya di where atau join on klausa setara.
SELECT COUNT(1) AS clicks
FROM clicks AS c
LEFT JOIN links AS l ON l.id = c.link_id
AND (c.date_added >= '2016-11-01 00:00:00'
AND c.date_added <= '2016-11-16 23:59:59');