Anda harus memiliki satu indeks di kedua bidang
ALTER TABLE alert_hit ADD INDEX `IDX-alert_id-timestamp` (`alert_id`, `timestamp`);
MySQL juga akan menggunakan indeks multi kolom hingga bidang pertama yang ada kondisi rentang dalam klausa WHERE, jadi dalam hal ini urutan penting dan timestamp
harus berada di urutan terakhir dalam indeks.
Seperti yang disarankan oleh @spencer7593 memilih COUNT(1)
bukannya count(id)
mungkin juga lebih baik.