Masalah Anda adalah ketika Anda memiliki dua (atau lebih) store baris dan dua (atau lebih) pics baris untuk satu goods baris, Anda akan mendapatkan produk dari semua kombinasi baris.
Untuk mengatasinya, lakukan agregasi Anda sebelum bergabung:
SELECT
good.id,
good.title,
IFNULL(s.storerest, 0) AS storerest,
IFNULL(p.picscount, 0) AS picscount
FROM goods
LEFT JOIN (
SELECT goodid, sum(rest) AS storerest
FROM store
GROUP BY goodid
) s ON (goods.id = s.goodid)
LEFT JOIN (
SELECT goodid, count(id) AS picscount
FROM pics
GROUP BY goodid
) p ON (goods.id = p.goodid)