Seharusnya
$stmt = $mydb->prepare("DELETE FROM messages WHERE from_user = ? AND id = ? ");
Dan saya akan menghargai untuk menggunakan mysqli_* fungsi alih-alih mysql_* yang tidak digunakan lagi
Plus, tidak boleh ada * untuk HAPUS; itu bukan sintaks yang benar.
Referensi:
* sintaks digunakan bersama dengan SELECT: