Bukankah nilai null PHP sama dengan nilai null MySQL?

Itu karena PHP null diubah menjadi string kosong "" saat Anda membuat string kueri.

$variable = null;
$insert = "insert into mytable set mycolumn = $variable" ;
echo $insert;

Akan menghasilkan:

insert into mytable set mycolumn = 

Untuk memperbaiki kueri Anda, Anda perlu memeriksa apakah variabel PHP adalah null dan mengubahnya menjadi string NULL. (Sekarang juga disebutkan dalam komentar @MarkB.)

if ($variable == null){
    $variable = "NULL";
}

Ini akan menghasilkan:

"insert into mytable set mycolumn = NULL"

Perhatikan bahwa NULL tidak memiliki " di sekitarnya karena sekarang digabungkan ke string lainnya.

*(catatan:insert into tablename set .. salah, Anda juga insert data atau Anda update tablename set data.)