Saya mengalami masalah yang sama persis ini. Menjalankan kill
perintah akan mematikan proses, tetapi dalam kasus saya itu akan terus muncul lagi di bawah ID proses yang berbeda.
Satu-satunya cara saya bisa menemukan cara menghentikannya untuk selamanya adalah ini:
sudo stop mysql
Semoga membantu.
Sumber:http://www.itfromscratch.com/ cara-menghentikan-percona-mysql-server/