Bagaimana cara memperbarui set id dari 1?

Tentu ada caranya:

set @counter = 0;
update table_name
set id  = (@counter := @counter + 1);

EDIT

Untuk menghindari masalah dengan kunci duplikat, Anda dapat menjalankan sesuatu seperti ini sebelumnya untuk sementara mengubah id saat ini menjadi setara negatif:

update table_name
set id  = 0 - id;