Pertama, buat cadangan direktori /var/lib/mysql/ Anda agar aman.
sudo mkdir /home/<your username>/mysql/
cd /var/lib/mysql/
sudo cp * /home/<your username>/mysql/ -R
Selanjutnya bersihkan MySQL (ini akan menghapus php5-mysql dan phpmyadmin serta sejumlah perpustakaan lain jadi bersiaplah untuk menginstal ulang beberapa item setelah ini.
sudo apt-get purge mysql-server-5.1 mysql-common
Hapus folder /etc/mysql/ dan isinya
sudo rm /etc/mysql/ -R
Selanjutnya periksa apakah file database lama Anda masih ada di /var/lib/mysql/ jika tidak maka salin kembali ke folder lalu chown root:root
(jalankan ini hanya jika file sudah tidak ada lagi)
sudo mkdir /var/lib/mysql/
sudo chown root:root /var/lib/mysql/ -R
cd ~/mysql/
sudo cp * /var/lib/mysql/ -R
Selanjutnya instal server mysql
sudo apt-get install mysql-server
Terakhir, instal ulang semua paket yang hilang seperti phpmyadmin dan php5-mysql.