Anda dapat menggunakan bagian SET dari LOAD DATA INFILE, dan Anda tidak memerlukan 0x escaping stuff:
1, 1, 123456FF
2, 1, aabbcc
3, 1, ddeeff
Dan kemudian Anda menetapkan kolom ke variabel, dan kemudian mengatur kolom ke versi UNHEXed dari variabel itu:
LOAD DATA INFILE 'file' INTO TABLE `table` (column1, column2, @var1)
SET column3 = UNHEX(@var1)