File konfigurasi baik-baik saja. Akar penyebabnya adalah bug dalam paket MySQL 5.6 untuk Ubuntu 16.04.
Jika Anda memeriksa /var/log/syslog Anda, Anda mungkin akan melihat baris seperti ini:
Sep 15 18:56:09 ip-172-31-18-162 kernel: [ 383.840275] audit: type=1400 audit(1505501769.234:50): apparmor="DENIED" operation="open" profile="/usr/sbin/mysqld" name="/etc/mysql/my.cnf.fallback" pid=25701 comm="mysqld" requested_mask="r" denied_mask="r" fsuid=0 ouid=0
Alat keamanan bernama AppArmor menolak akses ke file symlink (/etc/mysql/my.cnf.fallback).
Coba solusi ini, yang memungkinkan symlink dibaca oleh mysqld.
echo '/etc/mysql/** lr,' >> /etc/apparmor.d/local/usr.sbin.mysqld
systemctl reload apparmor
Sekarang mysqld akan melihat konfigurasi kustom Anda.
Bug ini tampaknya telah diperbaiki dalam paket MySQL 5.7 Ubuntu.