Menurut dokumentasi MySQL, untuk melakukan pembaruan tabel silang, Anda tidak dapat menggunakan gabungan (seperti di database lain), tetapi gunakan klausa where:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0 /en/update.html
Saya pikir sesuatu seperti ini seharusnya berhasil:
UPDATE User_Settings, Contacts
SET User_Settings.Contact_ID = Contacts.ID
WHERE User_Settings.Account_ID = Contacts.Account_ID