Masalah kinerja Anda kemungkinan besar disebabkan oleh penggabungan dengan tabel 'term_taxonomy'.
Semua gabungan lainnya tampaknya menggunakan kunci utama (di mana Anda mungkin memiliki indeks yang berfungsi).
Jadi saran saya adalah menambahkan indeks majemuk pada term_taxonomy_id dan term_id (atau jika Anda harus:taksonomi ). Seperti ini:
CREATE UNIQUE INDEX idx_term_taxonomy_id_taxonomy
ON term_taxonomy( term_taxonomy_id, taxonomy);
Semoga ini bisa membantu Anda.