Solusi termudah (bergantung pada kebutuhan spesifik Anda) mungkin adalah menambahkan pemicu saat update/insert/delete ke tabel Anda, sehingga Anda dapat melakukan logging ekstra saat data dimasukkan/diperbarui/dihapus. Dengan begitu, bahkan intervensi manual pada db akan tercakup...
Periksa http://dev.mysql.com/doc/refman/ 5.1/en/triggers.html untuk informasi lebih lanjut.