Parameter connect_timeout hanya valid pada waktu koneksi. Ini berguna untuk memeriksa apakah server DB Anda dapat dijangkau dalam 20 detik atau lebih. Setelah terhubung, batas waktu yang ditentukan tidak lagi valid.
Saya tidak menemukan parameter batas waktu kueri di halaman manual mysql resmi:http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/server-system-variables.html jadi saya rasa ini tidak mungkin.