Tidak.
Ekstensi MySQL dan MySQLi adalah “driver” yang menangani komunikasi antara PHP dan server database MySQL;
mereka tidak ubah rentang perintah SQL yang dimengerti oleh server MySQL.
Jadi selama lapisan abstraksi DB menangani fungsi PHP apa yang digunakan untuk tujuan apa bagi Anda (dan kerangka kerja seperti CI pasti harus melakukannya), tidak ada yang perlu dikhawatirkan sehubungan dengan kueri yang sebenarnya.