Kami memiliki masalah yang sama dalam sistem produksi dengan Tomcat6+Hibernate+MySQL (dan Spring dalam kasus kami) dan satu-satunya solusi andal yang kami temukan adalah menyetel batas waktu koneksi ke nilai yang besar dalam konfigurasi MySQL. Saya tidak dapat mengingat detailnya, tetapi saya yakin ada masalah dengan commons-pool yang mendasarinya kode ketika memverifikasi bahwa sumber daya yang dikumpulkan itu valid.
Kemungkinan lain yang tidak kami coba adalah menggunakan mekanisme Connection Pooling alternatif selain DBCP. Selanjutnya untuk mencoba adalah C3PO