Anda mungkin tidak memiliki gabungan dalam kueri HQL seperti itu. Kutipan dari dokumentasi referensi :
Jadi saya rasa sesuatu seperti ini seharusnya berhasil:
delete from Feature F where F.id in
(select f2.id from Feature f2 where f2.featuresMetadata.stateGeoId = :stateGeoId)