Saya menghadapi masalah yang sama seperti Anda, masalahnya hanya terjadi ketika saya menggunakan Opera atau chrome.
Untuk kasus saya, saya memiliki .htaccess untuk mengarahkan semuanya ke file indeks. Secara alami browser akan meminta skrip dua kali, sekali untuk skrip itu sendiri, yang lainnya untuk favicon.
Perbaikan: Coba edit .htaccess untuk mencegah pengalihan ke file indeks saat browser meminta favicon.ico