Mengikuti dua jawaban yang saya terima (tidak ada yang lengkap jadi saya menulis sendiri), yang akhirnya saya lakukan adalah sebagai berikut:
UPDATE Table AS target
INNER JOIN
(
select category, appearances_sum
from Table T inner join (
select category as cat, sum(appearances) as appearances_sum
from Table
group by cat
) as agg
where T.category = agg.cat
group by category
) as source
ON target.category = source.category
SET target.probability = target.appearances / source.appearances_sum
Ia bekerja sangat cepat. Saya juga mencoba dengan subquery yang berkorelasi tetapi jauh lebih lambat (urutan besarnya), jadi saya tetap menggunakan join.