InnoDB memiliki dukungan transaksi, Anda tidak menggunakan transaksi eksplisit sehingga innoDB harus melakukan komit setelah setiap pernyataan ("melakukan penyisipan log ke disk untuk setiap penyisipan" ).
Jalankan perintah ini sebelum loop Anda:
START TRANSACTION
dan ini setelah Anda mengulang
COMMIT