Kalau-kalau ada yang masih peduli:
Saya memiliki masalah yang sama setelah menyalin direktori database secara langsung menggunakan perintah
cp -r /path/to/my/database /var/lib/mysql/new_database
Jika Anda melakukan ini dengan database yang menggunakan InnoDB tabel, Anda akan mendapatkan kesalahan 'tabel tidak ada' yang disebutkan di atas.
Masalahnya adalah Anda memerlukan ib* file di root MySQL datadir (mis. ibdata1 , ib_logfile0 dan ib_logfile1 ).
Ketika saya menyalinnya, itu berhasil untuk saya.