Tidak bisakah Anda memisahkannya dengan titik koma?
Delete from messages where messageid = '1';
Delete from usersmessages where messageid = '1'
ATAU
Cukup gunakan INNER JOIN
seperti di bawah ini
DELETE messages , usersmessages FROM messages INNER JOIN usersmessages
WHERE messages.messageid= usersmessages.messageid and messages.messageid = '1'